病理診断の種類として、

• 摘出された臓器や組織を肉眼的に観察する肉眼診断（マクロ診断）
• 顕微鏡標本を作製し光学顕微鏡を用いて組織学的な検索を行う組織診断(ミクロ診断）
• スライドグラスに付着させた細胞を顕微鏡下で診断する細胞診断(細胞診）
• 病死した患者の死因、合併症、治療効果の究明を目的に解剖をする病理解剖診断(剖検診断）

などがある。

病変の種類や目的によっては電子顕微鏡診断(電子顕微鏡を用いた超微細構造観察)、免疫染色や遺伝子検査などの特殊病理診断が必要なこともある。