胃と大腸の間にあり、十二指腸（約30cm）、空腸（約250cm）、回腸（約350cm）からなり、全長は6m以上に達する。十二指腸は固定されているが、他の空腸・回腸はかなり自由に動く事ができる。肝臓からの胆汁や、膵臓からの酵素は十二指腸へ分泌され、消化反応の大部分はここで行われる。

小腸の粘膜は粘膜上皮、粘膜固有層、粘膜筋板で構成される。

小腸の内壁は輪状のひだになっており、その表面には数百万もの絨毛と呼ばれる指状の突起があり、これが小腸の表面積を増大させている。これは柔突起とも呼ぶ。さらに、絨毛の表面には数千の微絨毛があり、さらに表面積を増やしている。表面積はテニスコート2面分にあたる。一つの細胞からおよそ60000の微絨毛が突き出している。