消化管は動物において、餌を体外から取り入れ、そこで消化吸収するためのものであるから、体外から取り入れる入り口（口）は必須である。他方、出口はなければならないものではない。刺胞動物や扁形動物では出口がない盲嚢状の消化管を持ち、必要があれば口から排泄する。しかしながら、やはり入り口と出口は別な方が効率がよいのであろう、それ以外の大部分の動物では口とは別に肛門がある。

発生学的には原腸胚期に盲嚢状の原腸を生じ、その後に反対側にもう一つの開口を生じて消化管ができる。この時、最初にできる開口である原口は口になるものと肛門になるものがあり、前者を先口動物、後者を後口動物という。 脊索動物全体では口よりも肛門の方が先に形成される新口動物である。これは発生的に原口が肛門になる動物のことである。

肛門は消化管を通って消化吸収された餌の残り(糞)を排出するのが本来の機能であるが、体外に開く大きな開口であるから、それ以外の機能を持つものが多い。脊椎動物や節足動物では腎臓などの排出器からの尿の出口でもあり、また脊椎動物の多くでは生殖孔を兼ねる。また、ヤゴやナマコでは水を吸い込んで呼吸を行う。