粘血便、下痢、腹痛、発熱などがある。若年者でこれらの症状をみた際には潰瘍性大腸炎を疑って精査する必要がある。

合併症として腸閉塞、腸管穿孔をおこして緊急手術が必要となる場合がある。 また、潰瘍が深くなって固有筋層に及び、広い範囲の腸管神経叢（固有筋層の中層にある）が露出すると腸管の収縮機能が失われ、大腸の拡張をみるようになる。この状態が中毒性巨大結腸症であり、穿孔の危険もあるため腸管摘出が必要となる。

また、罹患中、治癒後とも大腸癌の合併頻度が高い。この大腸癌は未分化で浸潤性が強く、悪性度の高いことが多い。