現在は遺伝的な素因を持ち、免疫系の異常（主としてマクロファージが腫瘍壊死因子αというサイトカインを分泌して腸壁の正常細胞を傷害すること）がおこり、その上で食餌因子などの環境的な因子が関係しているのではないかと考えられている。若年層での発症が顕著であり欧米先進国での患者数が圧倒的に多いため、食生活の欧米化、即ち動物性蛋白質や脂質の摂取が関係しているともいわれる。欧米では、クローン病のかかりやすさは特にNod2 (IBD1) の機能欠損多型やHLAの多型により強く影響を受けるが、日本人ではNod2との関わりは明確ではない。

近年、日本人クローン病とTNFSF15 (TL1A) というサイトカインの遺伝子との関連が報告された。TL1Aは腸管の炎症に関連しているサイトカインで、クローン病の病変部での発現が増加していることがわかっているが、これと遺伝子多型との関連についてはいまだ不明である。

2007年、英・リバプール大学臨床科学科のJon Rhodes教授らが、畜牛にヨーネ病と呼ばれる下痢を伴う消耗性疾患を引き起こす細菌である Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis が、牛乳やその他の乳製品を経由してヒトの体内に侵入し、クローン病を引きおこしている可能性があることを発表した。