以下に示す症状は代表的なものであり、個人差が大きく、これらの症状が必ず発現するわけではない。本疾患の病変は消化管全域に起こりうるため、その症状は多岐にわたり、それらが断続的にみられることがある。

病変部位別に小腸のみに病変のある「小腸型」、大腸のみに病変のある「大腸型」、どちらにも病変のある「小腸・大腸型」に分けられ、小腸・大腸型が多くを占めている。病変タイプ別に「狭窄型」と「穿孔型」に分類することもあり、後者のほうが重症であることが多い。重症例と軽症例では症状が大きく異なり、また炎症が激しい活動期（増悪期）では症状も激しく、炎症の落ち着いた緩解期では症状も落ち着く。ただし狭窄、穿孔や瘻孔は非可逆性の病変であるため、必ずしも緩解期に症状が無くなるわけではない。

腹痛

炎症やそれを繰り返すことによって起こる狭窄、また潰瘍によって高率でみられる。重症例では腸閉塞、膿瘍、瘻孔や穿孔をきたすことがあるので重要な主訴のひとつであるといえる。

下痢

一日に数回以上の下痢をきたす場合があり、QOLを損なうこともある。かなり高率でみられるが、小腸型の患者や場合によっては便秘をきたすこともある点に留意すべきである。

体重減少

栄養素の吸収を役目とする小腸に病変が起こるため、特に小腸型では栄養不良によって体重の減少がみられることが多い。若年層に高発するため、成長が阻害される恐れがある。

その他

発熱や全身倦怠感といった症状も多い。また上部消化管に病変のある場合は吐血が、下部消化管に病変のある場合では血便がみられることがある。その場合貧血をおこしていることもある。

合併症

肛門部病変はかなり多くにみられ、難治性の痔ろうや裂肛から本疾患が判明する例もある。他に関節炎、虹彩炎、壊疽性膿皮症や結節性紅斑などの腸管外合併症を伴うことがある。