原因不明の難病であり根治療法は無いが、多くの場合は緩解状態へ導入・維持することが可能であり、そのためには患者側の本疾患に関する充分な理解と、治療への協力も必要不可欠である。治療は主に腸管の炎症を抑えることによって症状を緩和し、QOLの向上を主目的として行われる。栄養療法（食事療法）や薬物療法といった内科的治療が並行して選択されることがほとんどであり、外科的治療は内科的治療の望めない場合に限り実施され、その場合においても最終的には内科的治療が採られることとなる。なお日本では食事療法のみか、食事療法と薬物療法を組み合わせることが多いが、欧米では薬物療法が主体となることが多いようである。個々の患者毎に病変部位や消化吸収機能が異なるため、画一的な治療方針は立てられない。