上記の肉眼解剖学に相当し、特に系統解剖学と呼ばれる（系統は全身の意）。主に学生の教育のために、大学医学部、歯学部、防衛医科大学校の解剖学の教育担当者の指導の下に行われる。解剖に用いる遺体は、日本ではそのほとんどすべてが献体制度により、本人の遺志および遺族の同意に基づいて提供された遺体が用いられている。遺体は、ホルマリン、アルコール等により、あらかじめ固定・防腐処理されており、学生は数週間～数ヶ月をかけて解剖実習を行う。